高迎祥进入陕西以后，卢象升部官军齐集河南西部，堵住了高迎祥东出中原的路子，形成关门打狗之势，消灭高迎祥的任务就落到了陕西官军的头上，具体来说是落到了陕西新任巡抚孙传庭的头上。高迎祥进入陕南后，洪承畴与孙传庭进行了工作分工，洪承畴重点对付陕北一带的李自成等部，孙传庭则重点对付高迎祥。高迎祥部退入陕南山区之后，在荒山野岭无处觅食，人饥马乏。为摆脱困境，他决定走小路进攻西安，给官军来一个突然袭击。孙传庭对此早有预料，在闯王必经之路周至县黑水峪设置伏兵，准备以逸击劳。
崇祯九年七月中旬，高迎祥部果然出现在周至黑水峪，进入了孙传庭的包围圈，双方展开了四天的激战，此时天降大雨，高迎祥部已经连续多日断粮，人马处于半饥饿状态，在大战中渐渐招架不住，官军的包围圈越来越小。关键时刻，高迎祥部下乾公鸡张二、一斗谷黄龙叛变。混乱中，叛徒将高迎祥的部卒和坐骑拉走，高迎祥被官军包围无法脱身，只好脱下盔甲藏到草丛里，官军搜山将其活捉。
俘杀高迎祥之后，孙传庭又乘胜在渭南和咸阳北原打了两个大胜仗，一时声誉鹊起，威名甚至盖过了总督洪承畴。高迎祥的败亡对农民军起到了震摄的作用，两位著名的首领张妙手(张文耀)、蝎子块(拓养坤)向明朝投降。不久蝎子块复叛，被孙传庭安插的武大定杀死。高迎祥是民军中实力最强的，蝎子块则是农民军中人数最多的，这两人都死于孙传庭之手，这对农民军是一个沉重的打击。
孙传庭折衷了兵部"堵截正面，固守商洛"的议定，派重兵扼守商洛一带的战略要地。当大天王率领的民军进袭庆阳、宝鸡时，孙传庭迅速回师在合水将其击败。崇祯十一初，此时，只有河南民军对明廷仍具威胁。罗汝才、马进忠、贺一龙、左金王等十三部(即"革左五营")联营广达数十里，待机进逼潼关。面对这一形势，孙传庭认为民军主力都在河南，于是率部而东，在阌乡、灵宝的山地间大败十三家兵马，民军窘境日甚，不得已向熊文灿请求受降。但自以"主剿"著称的孙传庭未采纳熊文灿的劝阻，执意要进攻民军，最终接到杨嗣昌的手书才停止进攻。民军虽受诏归降，但并未解除武装，而是移兵易阵，伺机进袭商洛一带。孙传庭令部将王文清等率部数战民军，民军余部波迫转移内乡、淅川。熊廷弼少时家境贫寒，放牛读书，刻苦强记。万历二十五年，考中乡试第一名，次年中进士，授保定推官，将被税监王虎冤枉缉拿的人员全部释放，并上撤矿疏，因其才能被擢为监察御史。
“此人也颇为不错。”刘辩感叹道。
万历三十六年，外出巡按辽东。巡抚赵楫与总兵官李成梁放弃宽甸地方的八百里领土，把当地六万老百姓迁移到内地来安家。过后，评定功绩竟然还要受到奖赏，给事中宋一韩上书论列了他们的罪。此事被下发给熊廷弼重新核查，全部查清了他们放弃领土、驱民迁移的事，熊廷弼上书弹劾他们两个的罪状，并说到前任巡按大臣何尔健、康丕扬勾结、包庇他们。但他的奏章竟未被下发给大臣讨论。当时诏书要求兴办屯田，熊廷弼说辽地多有闲地，每年在八万兵额中用三分人力来屯田、耕种，就可以收获粟米一百三十万石。
明神宗特地颁布诏书表示赞成，命令在边境各处推行。当时边防将领喜欢搅扰敌营，动辄引发战斗。熊廷弼说防护边疆以自守为上策，修造城堡，有十五种好处，报告皇帝后就实行起来。那年大旱，熊廷弼巡行至于金州，就在城隍庙神像祈祷，约七日里下场雨，如若不下雨就拆毁城隍庙。等巡行到广宁，已过了三天，熊廷弼就用大字写了白牌，封了剑，派使节前去斩杀城隍神，使节还没到，就见风雷大作，暴雨如注。辽地的人以为他为神明。他在辽地几年，杜绝送礼，核查军情，审查大将小吏，绝不姑息养奸，辽地的风尚、纲纪为之大振。
熊廷弼在南畿为督学，纪律严明，很有声望。后来因为棒打生员致死一事，与巡按御史荆养智相互在奏章中攻击。养智递上奏章弃职而去，廷弼也
万历四十七年，在与后金军的萨尔浒之战中，经略杨镐指挥的十二万大军惨败，从此明朝力量大衰，在辽东失去优势，不得不由进攻转为防御。
战后，经廷议，擢升熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史，代杨镐为辽东经略。他还没有离开京城，开原就失守了，熊廷弼上书说:"辽左，是京城的肩背，河东，是辽镇的心腹，开原又是河东的根本。想保住辽东的话，开原一定不能放弃。敌军没有打下开原的时候，北关、朝鲜还足以给他们构成腹背之患，现在开原被打下，北关不敢不向敌人屈服，敌方派一个使臣去，朝鲜不敢不附从。敌人没有腹背之忧，一定会联合东西两边的兵力来一起攻打我们，这样辽、沈怎么守得住呢?我请求朝廷赶紧派遣将士，准备粮草，修造器械，不要节制我的费用，不要延误我的时限，不要用一般的规矩来使我沮丧，不要从旁阻挠来掣我的手肘，不要把艰危只给了我一个，大家不关于心，以至于误了我、误了辽，并且误了我朝我国家。"
奏章递上去以后，全部得到允准，明神宗并赐给尚方宝剑以加大他的权力。熊廷弼刚刚走出山海关，铁岭又失守了，沈阳和其他城堡的军民一时间全都逃窜了，辽阳一带人心不安。熊廷弼兼程向前，遇到逃出来的，就劝说他们回去。把逃将刘遇节、王捷、王文鼎斩首来祭奠死节的将士。把贪污的将领陈伦给宰了，并上书弹劾、罢免了总兵官李如桢，用李怀信替换了他。他督促士兵打造战车，置办火器，开挖战濠，修筑城墙，做御敌守城的准备。他的命令坚决，有法必行，几个月下来，守备大为牢固了。接着他上书明神宗进呈方略:"请召集军队十八万人分布在云阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江等战略要地，首尾呼应，小的战事各自拒敌防守，大敌来时则互相接应、援助。另外再挑选精兵悍将组织游击，乘机出动，攻掠敌人的零散兵马，扰乱他们的耕种和放牧，轮番出击，使敌人疲于奔命，然后瞅准机会进兵剿敌。"奏章递上后，明神宗听从了他的建议。
熊廷弼刚到辽地时，命令佥事韩原善前往安抚沈阳，韩原善害怕，不肯去。接着派佥事阎鸣泰去，阎鸣泰走到虎皮驿，大哭而返。廷弼于是亲往巡视，从虎皮驿抵达沈阳，又冒雪夜往抚顺。总兵贺世贤用距离敌人太近来阻挠他，熊廷弼说:"冰雪满地，敌人想不到我会来的。"于是打鼓奏乐进入抚顺城。当时正是兵祸以后，几百里地不见人影，廷弼祭祀了那些为国事死亡的将士，哭了一场。接着在奉集显示了一番军威，察看了当地的地理形势，然后返回。一路上所到之处都招集流民，修整防守战具，分派兵马驻扎，因此当地军民的心重新稳定下来了。
熊廷弼身高七尺，有胆量，晓军事，擅长左右开弓放箭。自前番为辽地巡按时就主张防守，到这时更加坚决地主张拒敌守城。但是他脾气火爆，禀性刚直，喜欢骂人，不甘谦恭下人，因而舆论对他不太推许。泰昌元月，当时明神宗方死，明光宗即位。努尔哈赤进攻蒲河。明朝将士散亡七百多人，不过贺世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳。然而给事中姚宗文却在朝廷里腾舌诽谤，熊廷弼因此无法再安心职守了。
姚宗文这个人原先任户科给事，因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官，而吏部的几次申请递给明光宗以后都被放置几年，不予批准，姚宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义，托执政的大臣推荐自己，荐章上了几次，仍得不到任用。姚宗文没法可想，就写信给廷弼，让他为自己请求一官。熊廷弼没有随从他，姚宗文因此怨恨廷弼。后来他一路巴结，才复职于吏科，到辽东来检阅兵马，与熊廷弼议事，大多意见不一。辽东人刘国缙原先做过御史，在三年一次的考绩中受到贬职处分。辽地战事起来后，朝廷决定用辽人，于是他才做了兵部主事，参与军务。刘国缙主张召募辽人为兵，按他的办法召募了一万七千多人，后来有一半以上逃跑了。熊廷弼把此事报给朝廷知道，刘国缙也对熊廷弼产生了怨恨。过去熊廷弼当御史的时候，与刘国缙、姚宗文一起负责进言，相互之间，意气相得，共同以排斥东林、攻击道学为职事。刘国缙等对熊廷弼寄以旧望，熊廷弼却不能和从前一样了，这样他们之间更两相失望了。姚宗文本出自刘国缙门下，他们两个从此更加勾结在一起，倾轧熊廷弼。
等到姚宗文回朝以后，上书陈说辽地疆土日见减少，诋毁熊廷弼废弃大家的计谋，夸张自己的错误，并且说:"那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。"又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使熊廷弼去职不可。御史顾慥首先起来，弹劾熊廷弼出关一年有余，诸事没有规划;蒲河失守，隐瞒消息不上报;带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。