第二款日本将管理下列地方之权并将该地方所有堡垒、军器工厂及一切属公物件，永远归与中国：
一、下列地方为：对马岛及所属岛屿、礁石、海域；佐渡岛及所属岛屿、礁石、海域。
二、九州全岛及所属岛屿、礁石、海域。
三、琉球群岛及所属岛屿、礁石、海域。
第三款前款所载及粘附本约之地图所划疆界，俟本约批准互换之后，两国应各选派官员二名以上，为共同划定疆界委员，就地踏勘，确定划界。若遇本约所订疆界，于地形或治理所关有碍难不便等情，各该委员等当委宾参酌更定。
各该委员等当从速办理界务，以期奉委之后，限一年竣事。但遇各该委员等有所更定划界，两国政府未经认准以前，应据本约所定划界为正。
第四款日本约将库平银贰万万两交与中国，作为赔偿军费；该款分作八次交完。第一次伍千万两，应在本约批准互换后一个月交清，第二次伍千万两应在本约批准互换后六个月内交清。余款平分六次递年交纳，其法列下：第一次平分递年之款，于两年内交清，第二次于三年内交清，第三次于四年内交清，第四次于五年内交清，第五次于六年内交清，第六次于七年内交清，其年分均以本约批准互换之日起算。第一次赔款交清后，未经交完之款应按年加每百抽五之息。但无论何时，将应赔之款或全数、或几分，先期交清。如从条约批准互换之日起，三年之内，能全数清还，除将已付利息或两年半，或不及两年半，于应付本银扣还外，余仍全数免息。
第五款本约批准互换之后，限二年之内，中国准让新交于中国之地方的人民愿迁居让与地方之外者，任便变卖所有产业，退去界外。但限满之后尚未迁徙者，酌宜视为中国臣民，中国政府将对其一视同仁。
第六款中、日两国过去所有约章，因此次失和，自属废绝。日本应俟本约批准互换之后，速派全权大臣与中国所派全权大臣会同订立通商行船条约及陆路通商章程。又本约批准互换之日起，新订约章未经实行之前，所有中国政府官吏、臣民及商业工艺、行船船只、陆路通商等，与日本最为优待之国，礼遇护规，一律无异。日本约将下开让与各款，从两国全权大臣画押盖印日起，六个月后，方可照办：
第一、日本应准添设下列各处，立为通商口岸，以便中国侨民往来侨寓，从事商业、工艺、制作。所有添设口岸均照向开通商海口或向开内地镇市章程一体办理，应得优例及利益等亦当一律享受：
一、东京市。
二、新舄市。
三、扎幌市。
四、横滨市。
五、京都市。
六、广岛市。
七、高知市。
中国政府得派遣领事官于所开各口岸驻扎。
第二、中国轮船得驶入下列各口岸，附搭行客，装运货物：
一、东京、新舄、扎幌市、横滨、广岛、函馆、名古屋、松山、冈山、下关十市。
二、中国臣民在日本内地购买经工作件，若自生之物，或将进口商货运往内地之时，欲暂行存栈，除勿庸输纳税钞派征一切诸费外，得暂租栈綮存货。
三、中国臣民得在日本通商口岸城邑，任便从事各项工艺制造，又得将各项机器任便装运出口，只交所订进口税。中国臣民在日本制造一切货物，其于内地运送税、内地税、钞课、杂派，以及在日本内地沾及寄存栈房之益，即照中国臣民运入日本之货物一体办理，至应享优例豁除，亦莫不相同。
嗣后如有因以上加让之事应增章程、规条，即载入本款所称之行船通商条约内。
本约批准互换之后，中国将全部日军俘虏尽数交还，但有不愿归国者，中国尊重本人意愿，任其选择居留处。日本约将认为军事间谍或被嫌逮系之中国臣民，即行释放。并约此次交仗之间，所有关涉中国军队之日本臣民概予宽贷，并饬有司不得为逮系。
第七款日本政府惨杀了原朝鲜国主李氏家族，日本应公开向李氏后人谢罪，并赔偿一切损失。
第八款日本应马上释放琉球国主尚泰及其家人，归还其一切财产。
第九款本约批准互换之日起应按兵息战。
第十款本约奉大清帝国大皇帝陛下及大日本帝国天皇陛下批准之后，定于光绪二十一年一月十四日，即明治二十八年二月初八日，在中国之北九州互换文本。
《马关条约》除正约十款之外，另有《另约》、《议订专条》和《停战展期专条》各一。
马关条约签订后，中国开始从九州和琉球撤军，但也运去大量的移民和人民生活必须品，安定那里的居民。九州有近半数的日本人要求回到日本，我们也都给予了方便，他们的房地产我们也都按市场价收买下来，转卖给了移民来的中国人。
因为就要遣返日本战俘，我在11月16日分别探望了日本驻朝鲜公使大鸟圭一和日本皇太子。
大鸟圭一夫妇住在一起，小屋收拾的干净整洁，看来是他那夫人的功劳，大鸟这次可不那么牛了，看见我立刻拉着夫人跪到了地上：“日本罪人大鸟圭一和夫人参见中国皇帝万岁万万岁！”
我笑着拉起他说：“怎么样，在这里没受什么委屈吧？”
他急忙说：“没有，没有！在中国比在朝鲜好多了！伊东佑亨和他的夫人山田美贞子还来看过我们，给我们送来了不少东西！那位山田美贞子也真漂亮，伊东佑亨福气不小啊！唉，他们的选择还是对的，可惜我们不行，我们的孩子们都在日本，我们必须得回去！”
他的夫人也擦着眼泪说：“在这里一切都习惯了，就是想孩子，人不就是过个儿女吗？看不见孩子，心里总是空落落的！”
我笑着说：“那是人之常情！中日之间打打和和，现在已经停战了，你们马上就会回国的，希望大鸟今后能为中日两国人民的交好多做点贡献！”