人类学者一般认为印尼人包括四种种族成分：尼格罗人种（即小黑人族，爪哇更新世末期瓦贾克人的后代）；维达人种；原始马来人种和混血马来人种。原始马来人在新石器时代移入印尼，新马来人（开化马来人）在公元前三、四百年到二、三世纪之间陆续迁入后，或与居住在主要岛屿沿岸的早期居民混合，或取而代之，最终成为今天的印尼主体民族。因迁移时间及地理环境不同，各岛的族群不仅形成各有特色的风俗习惯和语言，其社会发展也不平衡。
印尼原始居民的氏族社会历史约始自公元前4万年，此时的印尼人已开始使用金属工具，生产与文化有了一定程度的发展。在沿海地区，生产力的提高使得剩余产品的出现成为可能，私有制随之而来。加上印度人势力的入侵，奴隶制国家约在四世纪时出现。在对印尼古王国的研究中，出土的石碑、中国和阿拉伯的古籍起了至关重要的作用。
有文字记载可考的最早的古王国为公元400年位于加里曼丹的古戴。从石碑记载的这个王国的宗教信仰、语言文字及国王的名字（穆拉哇尔曼）分析，学者认为此时印尼已经受到了印度文化的深入影响，甚至有人主张这是印度人在印尼建立的一个国家。关于古戴王国的其它情况，人们知之甚少。同一时期在爪哇出现了多罗摩王国和者婆王国，多罗摩领土包括今天的茂物、雅加达和加拉横等地。碑记，国王普尔纳跋摩命令国人在21天内天掘一条长15公里的运河，还下令在两块碑铭中刻下自己的脚印。
者婆又称社婆、诸婆、诸薄、杜薄，位于中爪哇。公元435年，国王师黎达拖阿罗跋摩遣使中国。诃陵七世纪中于中爪哇兴起，公元640年曾访问唐朝。“国最富”，七世纪后期国人推女子悉莫为王，征服了中爪哇和东爪哇的28个小国。国内刑法严明，道不拾遗。八世纪中叶后成为夏连特拉王国的属国，公元832年才获独立，后建马打兰国。与之同期并雄的“山帝之国”夏连特拉，从国名和立国时间分析，有史学家认为是扶南王国后裔在爪哇建立起来的一个国家。此时，印度文化对印尼在政治法律、文化艺术方面的影响达到了顶峰。在宗教领域，佛教全面地替代了婆罗门教的地位。至因德拉（公元782－812年）统治时，夏连特拉势力达到鼎盛，一度曾征服柬埔寨的水真腊。九世纪前半期（约公元800－850年）在爪哇中部日惹西北郊区修了著名的婆罗浮屠佛塔，意译“千佛坛”。
印尼其它古代国家情况如下：干陀利，位于今巨港一带，在南朝刘宋孝武帝（454－464）和梁武帝时（502－549），多次遣使访问中国。七世纪初，该国不复存在，似为巴邻旁所取代。巴邻旁的史料极少，人们仅知该国是佛教徒的中心集合地，商业发达，与印度及中国保持着定期的交通。
《新唐书》卷221下在波斯条目下提到一个末罗游（摩罗游、马来尤）王国：“贞观十八年（公元644年）与摩罗游使者偕朝。”印尼历史上第一个强大的帝国室利佛逝于七世纪末兴起于苏门答腊东南部，首都巴邻旁。公元686年，占据巴邻旁东北的邦加岛和末罗游，接着又控制了马来半岛南端和加里曼丹西部的吉打，并降服爪哇的多罗摩。中国古籍称其“东西千里，南北四千里而远”。公元844－848年阿拉伯人霍达白记载：摩诃罗者每日入金二百曼，熔以为砖，掷之入水中，掷时声言，此吾宝藏，日入之金有五十曼为斗鸡之税。斗胜之鸡一腿例为王有，胜者以金赎之。室利佛室的强大促进了印尼社会经济的发展。其都巴邻旁是中国与印度海上贸易的中转站，又是印尼香料中心，一时间港口舟船辐辏，繁荣异常。佛教随之极度兴盛，中国由海道求学取经之僧人往往先在室利佛室学习梵文，然后再去印度。唐朝的义净在此潜心研佛长达四年之久，他描述当时的逝利佛室是：“僧众千余，学部为怀，并多行钵。所有学读，乃与中国无殊。”
室利佛逝在公元695－742年间一直与中国有经济、政治联系，后突然中断，904年与中国恢复通好后我国史书称为三佛齐（公元904－1397年）。该国十世纪后国势强盛，阿拉伯人苏来曼的《印度－中国行记》载：“其王管领岛屿甚多，远至千程之外”；马苏迪《黄金草原》中称之“居民众多，疆域辽阔，军队无数”。可以推断出它控制着苏门达腊和马来半岛南部及廖内、西爪哇、邦加等地。11世纪初，灭爪哇的马打兰。后反为马打兰王裔艾尔朗加所压制（公元1025－1030年），两国划地为界。三佛齐的政治中心由巴邻旁移至占碑，自此势微。
麻喏巴歇国（公元1293－1478年）由拉丹·韦查耶创建，是继室利佛室后的又一强盛帝国。公元1289年，元世祖派使者孟琪到新柯沙里，要求国王格尔达纳卡拉亲自或派亲属到中国觐见忽必烈，格尔达纳卡拉自持国力强盛，将元史黥面逐归。元世祖盛怒之下，派将领高兴、亦黑迷失、史弼等率兵二万、船千艘远征爪哇。远征军到达前，格尔达纳卡拉的统治已经被查耶卡旺推翻了。格尔达纳卡拉的女婿拉丹·韦查耶率残部逃到一个村庄，该村庄以“苦果玛查”出名，音译即为麻诺巴歇。拉丹·韦查耶“以其国山川、户口及葛郎国地图迎降”，并表示愿把格尔达纳卡拉的女儿献给元朝皇帝以换取元军的支持。然而在大获全胜后，元军遭到撕毁协议的拉丹·韦查耶的大队人马袭击，死伤者甚众，余部突围回国。《元史》有记：“世祖抚有四夷，其出师海外诸番者，惟爪哇之役为大。”
麻喏巴歇国经宰相卡查·玛达(公元1331－1364年在位)的努力，东征巴厘、松巴岛，西平四分五裂的三佛齐，往北控制了加里曼丹，基本奠定了今天印度尼西亚版图的基础。哈延·乌禄统治时期（公元1350－1389年），麻喏巴歇通过征服和联姻使帝国势力达到了。这一时期，印尼的经济有了很大发展。农业上，王国注重开垦田地，鼓励耕种，公元1349年汪大渊在《岛夷志略》中记载“其田膏沃，地平衍，谷米富饶，倍于他国”。对外贸易也相当发达，其农产品、香料、手工业品和木材源源不断地运往中国、印度和中南半岛各国。随着商业的发展，出现了一些繁荣的港口城市，其中包括杜板、革儿昔、泗水等。
印度文化对印尼的主导性作用一直持续到15世纪，封建帝国麻诺巴歇这时由盛而衰，在内忧外患的困境中趋于瓦解。小国林立的局面不久便重现，而伊斯兰教也逐渐地取得了统治地位。