一、石英联盟
简介：小智参加的第一个联盟，联盟中有151只pm，需要集齐8个徽章才能参加大赛
主要参加人员：小智、小茂、阿宏
小智成绩：16强
小茂成绩：32强
阿宏成绩：8强
二、橘子联盟
简介：小智参加的第二个联盟，需要击败南十字星，得到4个徽章才能挑战首席训练家
主要参加人员：小智
小智成绩：冠军
三、成都联盟
简介：小智参加的第三个联盟，联盟中有251只pm，需要集齐8个徽章才能参加大赛
主要参加人员：小智，小茂，叶越
小智成绩：8强
小茂成绩：16强
叶越成绩：4强
四、芳缘联盟
简介：小智参加的第四个联盟，联盟中有386只pm，需要集齐8个徽章才能参加大赛
主要参加人员：小智
小智成绩：挑战中……
五、旋涡列岛大赛
简介：水系神奇宝贝大赛，举办于旋涡列岛
冠军奖品：神秘水滴
主要参加人员：小智－小锯鳄、巨钳蟹，小霞－可达鸭、太阳珊瑚、蚊香蛙
小智成绩：8强
小霞成绩：4强
六、神奇宝贝华丽大赛
简介：神奇宝贝使用各种华丽绝招赢得冠军的芳缘地区联赛。
主要参加人员：小遥
小遥成绩：挑战中……
七、神奇宝贝考核
简介：合格后，不用收集徽章，可直接参加石英大会。
主要参加人员：小智，武藏，小次郎
小智成绩：放弃重考机会
武藏成绩：笔试作弊开除
小次郎成绩：实战犯规开除
八、神奇宝贝p1格斗大赛
简介：使用格斗神奇宝贝对战的大赛。
主要参加人员：小智－火暴猴，爱美之父－艾比郎，武藏、小次郎－沙瓦郎
冠军奖品：p1金腰带
小智成绩：冠军
九、保护区赛跑大会
简介：在神奇宝贝保护区内举行的赛跑大赛。规则是神奇宝贝驮着主人赛跑。
主要参加人员：小智－小火马（烈焰马），嘟利夫－嘟嘟利，小霞－宝石海星，皮卡丘－杰尼龟
小智成绩：冠军
十、神奇宝贝竞速大赛
简介：一年一度的神奇宝贝竞速盛会，规则是主人骑在滑板上由神奇宝贝拖着走。
主要参加人员：小智－月桂叶，小茂－风速狗
冠军奖品：神奇宝贝蛋一只（小小象）
小智成绩：冠军
十一、捉虫大会
简介：谁捉的虫子厉害谁就是冠军，只能用一只神奇宝贝捉虫，只能捉一只虫。
主要参加人员：小智－皮卡丘，奈奈－菊草叶（月桂叶）
冠军奖品：太阳之石，所捉到的虫
冠军：小智
十二、金鱼王钓鱼大赛
简介：谁捉的金鱼王重谁就是冠军，只能用一只神奇宝贝捉金鱼王，只能捉一只金鱼王如果两个人捉的最重金鱼王体重相同就用所使用神奇宝贝决斗。
主要参加人员：小智－皮卡丘，小霞－蚊香蛙，时夫－快泳蛙
冠军奖品：一年份巧克力
小霞成绩：冠军
时夫成绩：亚军
十三、神奇宝贝相扑大会
简介：只能使用直接攻击来战斗的比赛，把对手推出圆圈就获胜。选手的体重必须达到80公斤
主要参加人员：小智－卡比兽，雷电－大力鳄，某男－水箭龟，武藏、小次郎－果然翁（伪装大奶罐）
冠军奖品：王者的信物，一年份神奇宝贝食品
小智成绩：冠军
雷电成绩：亚军
武藏、小次郎成绩：使用返拳犯规
十四、神奇宝贝气球大会
简介：用热气球飞到目的地然后向目标投标记物的比赛。
主要参加人员：小智－猫头夜鹰、火球鼠，小飞－大嘴雀，武藏、小次郎－喵喵
冠军奖品：最新钢制燃烧器
小智成绩：冠军
小飞成绩：并列冠军
十五、飞行神奇宝贝大赛
简介：用会飞的神奇宝贝争夺环子并投向目标的比赛。
主要参加人员：小智－傲骨燕（大王燕），小男孩－云彩雀，小次郎－毒粉蝶，小遥－狩猎凤蝶
小智成绩：冠军
小次郎成绩：亚军
十六、神奇宝贝选美大赛
简介：一年一度的神奇宝贝选美大会，选出优秀的饲育家
主要参加人员：小刚、小雪－六尾，小雪的同学－九尾，武藏、小次郎－果然翁、双弹瓦斯、阿柏怪
武藏、小次郎成绩：抢先被开除
十七、神奇宝贝水上竞赛
简介：阿尔多玛雷一年一度的水上竞赛。
主要参加人员：小智－小锯鳄，小霞－太阳珊瑚
小智成绩：倒数第一
小霞成绩：冠军
十八、战斗塔竞赛
简介：拉鲁斯城著名的战斗挑战赛。
主要参加人员：小智－皮卡丘，小超－煤炭龟（小智借的）
小智成绩：小组淘汰
小超成绩：自动弃权
十九、肯泰罗斗牛大赛
简介：使用肯泰罗的斗牛大赛。
主要参加人员：小智－肯泰罗
小智成绩：冠军
二十、消防大赛
简介：使用水系绝招的消防大赛
主要参加人员：小智－杰尼龟，消防大队－卡咪龟
第1集－－神奇宝贝，决定是你了
故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得神奇宝贝训练家执照，并从神奇宝贝学家大木博士手中领取一只神奇宝贝。小智为了要成为一流的神奇宝贝大师而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其他晚了一步。好不容易从博士那里领来没人要的「皮卡丘」，谁知「皮卡丘」却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和「皮卡丘」建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但「皮卡丘」却受了重伤...
第2集－－神奇宝贝中心大决斗
小智带着受了重伤的「皮卡丘」来到常盘市治疗中心，却遇到了专门绑架神奇宝贝的火箭队─武藏与小次郎，以及他们的神奇宝贝─阿柏蛇及瓦斯弹，外加一只「喵喵」；但是小智及小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用脚踏车发电的「皮卡丘」终于恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水...
第3集－－收服神奇宝贝
白天更加漆黑的常盘森林，充满了许许多多的昆虫神奇宝贝，小智收服的第一只神奇宝贝─绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只神奇宝贝─比比鸟之后，火箭队为了夺取「皮卡丘」的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤；绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。
第4集－－武士少年的挑战
武士少年对小智提出了神奇宝贝的挑战，致使刚被比比鸟收服的独角虫逃离了，连着两次上场的比比鸟也因此而落败；铁甲蛹的坚硬赢了大甲的攻击。大针蜂的群体攻击使得小智们落荒而逃，而铁甲蛹也被大针蜂给夺走了，小智为了夺回铁甲蛹与大针蜂再次正面冲突，此时的铁甲蛹又进化了；借着巴大蝴的秘技─睡眠粉，小智一群人平安地度过了这次危机，而小智更朝着成为神奇宝贝大师的旅途继续努力。
第5集－－尼比市的决斗
离开常盘森林来到了尼比市，与小刚进行第一次决斗，在皮卡丘的特训之下，终于赢了大岩石，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴─小刚，一同踏上成为神奇宝贝大师之路。
第6集－－皮皮跟月亮石
神奇宝贝的研究员─李科，以及破坏捣蛋的火箭队，聚集在拥有月亮石的月见山；在一场保卫战之后，小智等人和皮皮们终于赶走了坏人，在月见山过着幸福快乐的生活。
第7集－－花蓝市的水中花
为了获得徽章，小智与小霞展开了一场战斗，但却遇上了火箭队的捣蛋；皮卡丘再次发挥实力，让小智获得了第二个徽章。
第8集－－通往神奇宝贝擂台之道
小智与连赢九十八场的小明相遇了；穿山鼠连胜比比鸟及巴大蝴，火箭队却偷走了穿山鼠，在一串战斗当中，历经严格训练的穿山鼠，终于连胜一百场。
第9集－－神奇宝贝必胜指南
小智三人在森林中迷路，白茫茫的雾中见到一位少年被围起来欺负。原来他们都是神奇宝贝学校的学生。小智为了替小淳出气，打败优点骄子。
第10集－－神奇宝贝乡的妙蛙种子
迷路的小智等人掉落河里，获救后一路又是陷阱又是坑洞，最后到地图上没记载的神奇宝贝村。许多受伤被抛弃的神奇宝贝就在这里疗伤。好心收留它们的女孩名叫小翠。小智为她打败图谋不轨的火箭队，最后小翠叫妙蛙种子跟随小智离开，磨练自己。
第11集－－走失的小火龙
小智三人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁，小智收服失败后来到神奇宝贝中心，在那里遇见佑大。他就是抛弃小火龙的饲主。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。
第12集－－杰尼龟军团登场
杰尼龟军团和火箭队连成一气欺负小智等人。皮卡丘接近死亡边缘被关起来。小智为了买疗伤的药而奔走。眼看约定的时间刻刻逼近....
第13集－－正辉的灯塔
小智一行人走出森林来到沙滩。在那里遇见了住在灯塔的神奇宝贝研究家正辉。他在那里等候全世界只有一只的神奇宝贝。最后浓雾的另一边出现巨大影子，传说中的神奇宝贝真的存在吗？
第14集－－电击对战枯叶道馆
小智一行人终于来到枯叶市。首先到神奇宝贝中心填饱肚子，在那里，小智等人目击了好几只身受重伤的神奇宝贝。原来他们是向枯叶市道馆的训练家挑战而被打伤的。皮卡丘对付进化型的雷丘，看似完全没有胜算。小智他们会成功拿到第三个徽章吗
第15集－－圣安奴号之战
小智等人来到停泊国外船只的港口。在那里得到神奇宝贝训练家派对的招待券，他们不知这是火箭队的阴谋，傻傻上船了，还在那里与人交换神奇宝贝....
第16集－－神奇宝贝漂流记