小智等人在船上受到火箭队攻击。就在一片混战中，船不知不觉漂到湾外，还遇到暴风雨。船员与乘客们都搭救生艇逃脱了，只有小智等人与火箭队昏迷在船上。眼看船只渐渐沉没，神奇宝贝逃亡剧开始了....
第17集－－巨大神奇宝贝之岛
小智等人与火箭队被暴鲤龙的龙之怒给吹跑，还与自己的神奇宝贝们分散。他们在岛上互相寻找对方。这座岛有许多巨大无比的神奇宝贝，这里到底是哪里呢？
第18集－－蓝普尔其的假日
渡假村蓝普尔其，柳爷爷的梦想是乘着一艘船游览世界一周，于是小智等人便帮忙柳爷爷工作。但是火箭队和附近的金婆婆想尽办法破坏。最后火箭队等人又被打飞出去了。而柳爷爷也开始了他的梦想。
第19集－－玛瑙水母与毒刺水母
小智等人来到一个码头都市，在那里遇见与金婆婆长相一模一样的银婆婆。她矢志要让这小地方成为超越蓝普尔其的渡假地，在海上大兴土木，而引来玛瑙水母和毒刺水母的反击。
第20集－－幽灵神奇宝贝跟夏天的庙会
小智等人来到一个港都，那里正在举办夏天庙会。小刚一到那里就感受到少女的呼唤。火箭队的小次郎也是同样经验。两人为了少女而失魂落魄，原来那少女是两千年前的亡魂。神奇宝贝鬼斯与她陪伴，搞得大伙吓得魂都飞了。
第21集－－巴大蝴再见
小智等人来到海边，遇到一群渡海的巴大蝴。巴大蝴正迎接恋爱的季节，连小智的巴大蝴也找到可爱的女朋友高兴得要命。但是火箭队的人居然又出现了，想捉走巴大蝴去卖，巴大蝴去英雄救美吧。
第22集－－卡西，超能力大决斗
金黄市的道馆训练家是娜姿，她的神奇宝贝卡西会用超能力，把皮卡丘耍得团团转。惨败的小智等人还差点被变成娃娃囚禁起来，幸亏被一个老人救起，那个人指点小智获胜的方法。
第23集－－在神奇宝贝塔收服幽灵
为了打败娜姿的超能力神奇宝贝，小智按照老人指示来到耸立在雾中的神奇宝贝塔，想收服这里的幽灵神奇宝贝。最后虽然没收服成功，但是离开时有只鬼斯通自愿跟上来，也算是小有收获吧。
第24集－－鬼斯通对抗超能力
小智有了鬼斯通跟踪，又壮起胆子去向娜姿挑战。可是临阵时鬼斯通又不见影，跟在一旁的小刚与小霞成了代替小智受罚的倒霉鬼，被变成娃娃，小智忍无可忍，再度挑战...
第25集－－火爆猴别生气哦
小智遇见猴怪想加以收服，反而遭受攻击。此时火箭队过来搅局，踹了猴怪一腿，使得猴怪气愤进化成火爆猴，不管小智怎么逃，火爆猴都一再追上来，最后小智只好向火爆猴挑战。
第26集－－艾莉嘉和臭臭花
小智在香水店批评香水，不只被赶出门，还不准进入道馆。这时武藏献计让小智扮女生去当门徒，他们扮演小智的父母。火箭队在道馆内偷走东西后就纵火，小智救出臭臭花，获得彩虹徽章。
第27集－－索利柏与神奇宝贝催眠
彩虹市在三天前开始，就发生许多小孩失踪，神奇宝贝昏沉的奇怪案件。小智等人循线追查，发现是三天前进化的索利柏的影响。这时火箭队也出现来抢走索利柏，双方又一场混战。
第28集－－六尾，饲育家大决斗
小智等人来到顶尖饲育家们聚集的美容街，武藏与小次郎在这里开店把神奇宝贝打扮得怪模怪样，并企图趁机偷走珍贵的神奇宝贝。小刚带领小智来找小雪，得知火箭队的作为，而与小智等人一起跟火箭队火并起来。
第29集－－格斗神奇宝贝大战斗
神奇宝贝的格斗选手权大会，p－1大赛要召开了。为了让爱美的父亲不再沉迷于格斗，小智带着火爆猴想去打打爱美爸爸的艾比郎。不过火箭队这次又跑来捣蛋...
第30集－－小磁怪的电气老鼠之梦
皮卡丘来到电厂附近就感冒了。小智带他去神奇宝贝中心治疗，因为全市突然停电而无法医治，为了救皮卡丘，小智跑去电厂查明原因，在那里遇到了臭泥...
第31集－－好多地鼠
地鼠群使得工地现场一片混乱。不知为什么，前来赶地鼠的神奇宝贝训练家们，包括小茂的在内，他们的宝贝球都叫不出神奇宝贝，这到底是怎么回事呢？
第32集－－浅红道馆的忍者决斗
小智一行人来到一所遍地机关的忍者屋。那是粉红色徽章的浅红道馆。道馆的馆主阿桔一再派出了有剧毒的神奇宝贝，小智要怎样运用战斗呢。
第33集－－火焰的神奇宝贝大赛跑
拉拉美族的富子被陷害受伤，小智只好代她骑着小火马参加比赛。火箭队跟都利夫达成协议，要帮助都利夫得到冠军，而在一路乱设陷阱，使得比赛一团混乱。
第34集－－袋龙的摇篮曲
小智以为他们来野生原野区了，见到神奇宝贝就想收服，被君莎给阻止，原来他们只是在边境而已。小智在这里认识跟袋龙住在一块的达山，以及前来寻子的达郎的爸妈。
第35集－－迷你龙的传说
小智等人来到野生原野区认识西泽，看到传说中的神奇宝贝迷你龙。迷你龙在三十年前引来一堆训练师大肆猎捕神奇宝贝，导致野生原野区的神奇宝贝几乎绝迹，这件事成了西泽心中的痛。
第36集－－暴风雨的单车路
小智等人为了到阳光镇，必须过一座大桥才行，可是照规定，桥上只准单车通行，幸好乔伊拜托小智三人送药到对岸去，并借出单车，但却碰上了暴风雨来袭....
第37集－－百变怪跟模仿少女
突来的倾盆大雨使得小智一行人不得不找地方避雨。虽然小霞满腹牢骚，小智等人还是踏入了那间建立在空旷原野上的阴森小屋。可是小霞的预感果然没错，小屋里有奇怪的动静，这该不会是鬼屋吧？害怕的小智等人其实只是来到演艺屋，百变怪的训练师伊美蒂居住的小屋。小智对百变怪深感兴趣，提出让皮卡丘与百变怪来神奇宝贝决斗。
第38集－－皮卡丘的森林
想成为神奇宝贝大师的小智，以及与小智共同旅行的小霞和小刚。三人经过一个美丽的森林，入内小憩一会儿。在大伙休息得正舒服时，皮卡丘注意到草丛中的影子。那双注视着他们的，原来是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深处追去，不顾小智的呼喊……。
第39集－－伊布四兄弟
小智等人在林中小径遇见一个备有水与食物的盘子，被人用绳子绑在树干上的神奇宝贝伊布。乍看之下像遭人抛弃的野狗，可伊布脖子上却绑着石头镇三段14号，太一刻着训练师名字与地址的金属牌。打开地图发现石头镇就在前面不远。小智等人带着伊布按照地址寻找，来到超级大豪宅。里面还传出欢迎的鼓掌声，这里面真的有伊布的训练师吗？
第40集－－醒来吧！卡比兽!
旅行久了是会肚子饿的。小智等人来到某个村子觅食。可是这个村子的面包店跟青菜店全都没有粮食，餐厅也是什么都没有。无计可施的小智等人因为饿得太厉害无法走动时，村子长老出现招待他们大吃一顿。小智等人在长老家中了解村子是因为遭到干旱而落此现况。为了报达这一饭之恩，小智等人决定到河川上游调查原因。
第41集－－神奇宝贝道馆的决斗
小智等人来到黑暗市，被卷入亚斯道馆跟卡兹道馆的纠纷。小智劝和不成，反遭攻击，幸好皮卡丘大展神威，制伏他们。这时候乔伊出面....
第42集－－椰蛋树军团大前进
为了让大家看他表演魔术，马健使出险招，想利用椰蛋树的催眠能力，谁知火箭队埋伏在后，一番乱斗，害得椰蛋树丛失控向城市奔去....。
第43集－－派拉斯跟派拉斯特
发高烧的喵喵被清美救起，因而对清美一见钟情，想施恩于清美制造机会留下来当店门口的招财猫。可是清美的神奇宝贝派拉斯却是个胆小鬼，战斗意志太弱，怎么也无法进化成派拉斯特....
第44集－－胖丁唱歌吧
小智等人来到霓虹镇。镇上的人因为睡觉太少，连君莎在内都变得脾气火爆。受不了镇上的吵杂，来到森林的小霞遇到一只不能唱歌的胖丁，经过一番努力，胖丁终于唱歌了，可是听众全部睡着……。
第45集－－复活？化石神奇宝贝
小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败，与火箭队等人一起掉进古代神奇宝贝沉睡的洞窟。一阵混乱之后，化石翼龙飞出洞窟咬走小智，火恐龙为了救小智，进化成喷火龙与化石翼龙决斗....
第46集－－吉利蛋的病历簿
皮卡丘吃果实卡住无法呼吸，小智急着抱它求救。杜医生才刚治好皮卡丘，又有许多神奇宝贝因车祸受伤需要治疗。医院人手不足，在场的小智等人就被找来当助手了....。
第47集－－卡蒂狗跟小次郎
小次郎的父母假死引离家出走的小次郎出面继承遗产。小次郎一直顽抗，而武藏与喵喵见钱眼开，强迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁美嘉是怪人....。
第48集－－大葱鸭的鸭
小霞跟火箭队的宝贝球都被带着大葱鸭的圭太给骗走。后来可达鸭自己逃出，在可达鸭带领下，小智，小刚，小霞带着君莎去逮捕圭太。为了教训圭太，小智要求做神奇宝贝比赛。大葱鸭出人意料的打败妙蛙种子....。
第49集－－波克比是谁的呢
小智在大傻谷骚动中捡到一个蛋，波克比。小智，小刚，小霞，还有喵喵举办淘汰赛，约定由获胜的人得到波克比。喵喵没有神奇宝贝，一人扮演两种角色，与小智小刚的神奇宝贝决斗....。
第50集－－妙蛙种子的不思议花园
妙蛙种子的进化祭典开始了。由长老妙蛙花主持，被吸引过去的妙蛙种子不愿进化，激怒了所有妙蛙花与妙蛙草....小智出面劝阻是否有效呢？
第51集－－激斗，神奇宝贝娃娃节
武藏与小霞在玩偶镇为了得到娃娃节的娃娃而在比赛中大打出手。面对有小智与小刚的神奇宝贝支持的小霞，武藏无计可施，派出最新收服的大舌头，使比赛有出人意料的发展....。
第52集－－儿童节全员大集合
儿童节那天小智等人让自己的神奇宝贝陪伴育幼院的小孩玩耍。阿勉要求跟喵喵玩，原来他曾经在森林被喵喵救过。可是其它学童没见过喵喵，都说阿勉骗人，于是火箭队决定派喵喵来给阿勉一个快乐的儿童节....。
第53集－－警犭卡蒂狗
森林中有座警犭卡蒂狗训练所。火箭队三人为了得到训练所众多的卡蒂狗，竟用气体改变君莎与小智等人的声音，并使卡蒂狗们鼻子失灵，企图以假乱真，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人…
第54集－－按快门的机会是皮卡丘
天才摄影师阿彻被火箭队所骗，想为皮卡丘拍照。不适应相机快门声音的皮卡丘一直闪躲。阿彻执着地跟着小智，对掉进火箭队挖的陷阱的小智伸出援手时，发现陷阱底下有个洞，小智与皮卡丘掉入洞内的水道，被水冲走。阿彻奋不顾身拯救小智，还与小智一起击退火箭队。
第55集－－神奇宝贝检定考
小智受到小霞刺激，去接受神奇宝贝检定考。火箭队的武藏与小次郎也到考场考试。这两人由于成绩不佳，脑羞成怒，竟动了向考场报仇的念头。他们闯入考场与小智和教官一片大乱斗，最后当然又被打跑了…。
第56集－－抚养家的秘密
火箭队的亚马多与小三郎开设抚养家，利用替人照顾神奇宝贝的机会，搜集优秀的神奇宝贝。小智与火箭队的人不巧在那仓库碰面，而且被亚马多发现，两队人马都被送到警局。幸亏及时逃出的小霞找到阿彻拍的证据照片，才证明小智等人的清白。
第57集－－燃烧吧！红莲岛！
为了获得第七个徽章，小智等人来到了红莲岛。但是那地方已经成为观光胜地，到处都没看到道馆。但是解开一个怪叔叔提出的谜题后，小智终于找到了红莲道馆！原来那怪叔叔就是夏伯，道馆的训练家啊!
第58集－－决战红莲道馆
火箭队为了得到鸭嘴火龙在红莲道馆乱发射冰冻炮，害得岩石裂开，岩浆流出，眼看就要形成一场大灾难。夏伯命令鸭嘴火龙，小智等人也拿出自己的神奇宝贝来帮忙阻止岩浆流出。危机解除后，夏伯再给小智一次挑战机会，喷火龙与鸭嘴火龙便展开大对决…
第59集－－克美波美岛
小智等人遇到求救的卡咪龟，来到海中不知名的龟神奇宝贝王国。岛上的众龟全部不明原因昏睡，火箭队趁机来抢走龟王水箭龟…火箭队与乌龟群的大战就此展开…最后还查出了大伙昏睡原因是胖丁的歌声!
第60集－－华蓝道馆！水中之战！
小智等人来到华蓝道馆，小霞被抓去表演水中芭蕾人鱼公主。火箭队也闯来捣乱，想抢走水系神奇宝贝，但是被进化的白海狮打败。虽然如此，表演还是大受欢迎！
第61集－－皮皮对抗胖丁
皮卡丘被制造火箭的皮皮给抓去当发动机。跟着小智偷偷到火箭的胖丁跟皮皮们发生争吵，打昏了好几个皮皮。最后火箭发动了，小智跟火箭队还在火箭上面呢！他们命运将会如何呢？
第62集－－常盘道馆！最后的徽章！
小智等人来到常盘道馆挑战，遇到小茂。小茂先进入挑战，遇到火箭队老大拿出的神秘的神奇宝贝，遭到惨败。轮到小智挑战时，火箭队的两人一猫代替道馆训练家接受小智的挑战。当然，他们被小智打败了，小智于是得到第八个徽章。
第63集－－神奇宝贝马戏团的吸盘魔偶
马戏团长阿津找小智扮演吸盘魔偶。因为她的吸盘魔偶训练不当，不肯表演。火箭队的人不知情地把小智扮演的吸盘魔偶抢走。小智表露身份逃回去，火箭队的人又卷土重来，想再次抓走吸盘魔偶，而遭到阿津的吸盘魔偶跟小智妈妈的吸盘魔偶连手攻击，被哑剧制造出来的墙壁给困死…
第64集－－红唇姐的圣诞节
武藏为了报复14年前被拿走宝贝娃娃的事，跟踪帮助红唇姐回去圣诞老人小岛的小智一行人，计划抢走所有礼物以做报复。乘龙解救了圣诞老人与小智等人的危机，虽然误会冰释了，两人还是大打出手。最后武藏三个当然是惨遭修理啦！
第65集－－用大岩蛇露营
小智一行人的旅途，被风雪阻碍地待在雪山当中，为了拯救皮卡丘，使得小智与小刚等人分散。神奇宝贝们共同度过寒冷，更借着神奇宝贝们的帮助而越过雪山...
第66集－－宿敌大决斗!大木研究所
小智等人来到大木研究所，在那里遇到了小茂，众人一起顺便了解大木博士的研究生活。想要抢夺皮卡丘的火箭队这时又来捣乱，在研究所广大的庭院中迷路许久以后，他们终于遇上小智等人，可是双方还来不及大打出手，火箭队二人一猫就被横冲直撞的一群肯泰罗给撞飞了!
第67集－－当呆呆兽变成呆河马的时候
为了解开大木博士苦思不解的疑惑，小智一行人来到了风光明媚的比努海岸。借着西野森教授所饲养的呆呆兽及武藏所收服的大舌贝，让大木博士等人解开这进化之谜
第68集－－踏浪皮卡丘的传说
小智等人来到比努海岸做特训，小智在海中脚抽筋遇难时，幸好被敏川特与马奎尔救起。这一人一皮卡丘的组合，背后有着感人的故事。敏川特是否能战胜这20年一度的大海浪，为比努海岸创造一个的传说呢？
第69集－－植物园的臭臭花
小智等人来到村雨植物园，妙蛙种子在那里喜欢上臭臭花，小刚在那里喜欢上园主林子。林子有个烦恼，为了继成家业，应该进化的臭臭花迟迟没进化成霸王花。刚好火箭队又来捣乱，在小刚的鼓励下，林子拿出她的臭臭花应战...
第70集－－神奇宝贝电影
南野导演为了拍摄由神奇宝贝们演出的电影，所有的神奇宝贝均一一地跃上大屏幕，以胖可丁及可达鸭领衔主演的爱情剧，在火箭队及小智们一番对战下而热热闹闹地开拍着。
第71集－－喵喵之歌
神奇宝贝电影即将于好来坞上映，大伙热热闹闹地来到这喵喵不堪回首的伤心地。昔日的喵喵为了得到佳人的芳心，努力地朝‘人类‘迈进，学习人类讲话，学习人类走路，但仍是无法获得佳人芳心而只能独鸣悲歌。
第72集－－四天王希巴登场
为了习得四天王希巴的大绝技，小智们一同来到了山中；借着希巴替大岩蛇解除痛苦，而使得山中亦获得平静，让小智一行人了解到，与神奇宝贝们的心灵沟通比战斗收服来得更重要。
第73集－－激烈冲突！超古代神奇宝贝！
小智等人在独立特训的时候，遇到神奇宝贝考古学权威，天才少女怀特博士。考古挖掘现场挖出了超古代神奇宝贝的胡地与耿鬼，特大号的他们一闹起来，无人能挡，莫非世界就要毁灭了？
第74集－－嘎啦嘎啦的骨头棒
向神奇宝贝联盟迈进的路上，遇见了被火箭队夺走徽章的斋藏及嘎啦嘎啦，小智一人更再次阻止火箭队的捣乱，顺利地将斋藏的徽章取回，更让斋藏及嘎啦嘎啦重修旧好。
第75集－－开火！神奇宝贝联盟开会式
神奇宝贝联盟传递的圣火，竟然被火箭队给盗走了；失去了圣火因而无法举行开会仪式的达马岚其会长，拿出了火焰鸟的火苗，就在联盟即将展开之际，火箭队又再次地出现了…
第76集－－神奇宝贝联盟开幕！水之场地
小智朝神奇宝贝大师迈进的第一战：石英大会的水之场地，以华丽战斗技巧的多武，派出了椰蛋树，海刺龙及大嘴蝠，均一一被小智的大钳蟹打败而取得了大胜利，小智的大钳蟹更进化成了巨钳蟹…
第77集－－冰之场地！火炎之战
在第三场战斗之前，火箭队又利用巧妙的化妆术骗走了小智的皮卡丘，幸好小刚没有被武藏的伪装所迷惑，抢回了皮卡丘；与小正对战时，巨钳蟹反被风速狗的龙之怒绝技所打败，借着皮卡丘的十万伏特融合着水产生更大的威力，而小智更赢得了比赛，迎向第四回合的挑战
第78集－－草之场地！意外之强敌
一直与小智竞争的小茂，在比赛当中落败而使得小智心生惧意，同伴们的支持，让小智重新站上舞台，更与姑娘镇的熏子对战；连胜两次的小智没想到被喇叭芽以柔克刚的攻击连续落败，最后以臭臭泥，小智方得取得了胜利………
第79集－－最强竞敌登场
小智连战连胜。在战斗之外的闲暇时刻，偶遇同是参赛者的阿弘，两人成为好朋友。这时候神奇宝贝们却被闯入的火箭队抢走了。于是小智和阿弘联合起来展开大追逐，所谓不打不相识，两人因为共患难而加深友情，成为志同道合的好战友。
第80集－－石英运动场vs阿弘
小智受到火箭队的阻扰，迟到十分钟才抵达会场。杰尼龟、皮卡丘都被打败了，最后小智把希望寄托在喷火龙的身上。可是喷火龙打倒小火龙之后，看到雷恩一个小不点的个子，居然战意全失，在会场上睡起觉来，使得小智输掉比赛。
第81集－－神奇宝贝联盟！最后的战斗！
小智受到打输的影响，沮丧得连饭都不想吃。但是他从电视上知道第六场比赛开打的时候，马上就赶去会场。第六回合开始了，阿弘要怎样运用六个神奇宝贝战斗呢征霸石英大会的人究竟会是谁